Synopsis 

Après avoir vaincu Ganondorf, Link part dans une quête secrète pour retrouver un ancien ami (sûrement Navi) et son périple l'amène à croiser un Skull Kid au fin fond des bois Perdus. Ce dernier lui vole sa jument, Epona, ainsi que l'ocarina du Temps, avant de s'enfuir. En partant à sa poursuite, notre héros tombe dans un monde parallèle à Hyrule : Termina, et il fait la connaissance de Taya, fée de compagnie de Skull Kid, qui a été séparée de son frère Tael et qui souhaite le retrouver, en s'alliant d'abord temporairement à Link. 

Dans un premier temps, transformé par Skull Kid en Peste Mojo, Link apprend des habitants de Termina que la lune va s'écraser sur la terre et qu'il ne dispose que de trois jours pour stopper l'apocalypse. Apocalypse provoquée par Skull Kid, qui possède d'ailleurs un étrange masque : le masque de Majora. En premier lieu, il remet la main sur son ocarina du Temps, et Taya décide de continuer à l'accompagner, car Skull Kid est en train de devenir fou et elle veut l'arrêter. Ils devront alors remettre la main sur le masque de Majora, à la requête du vendeur de Masques, et ce en collectant les masques des boss du jeu, pour réveiller les quatre Géants.

Personnages principaux 

Link : Link est évidemment présent dans cet opus en tant que personnage principal. Majora's Mask étant la suite directe d’Ocarina of Time, on y retrouve logiquement un Link proche de l'apparence d’Ocarina of Time à son enfance. Cependant, son épopée contre Ganondorf en a fait un personnage doué d'expérience, plus fort et bien plus confiant en lui-même qu'il ne l'était dans Ocarina of Time. Il est cette fois-ci armé du bouclier du Brave, proche du bouclier Hylien, mais également de sa fidèle épée Kokiri.

Tael : C'est le petit frère de Taya. Il reste avec Skull Kid pendant toute l'aventure mais est complètement perdu sans sa sœur.

Taya : C'est la fée qui accompagne Link durant l'aventure et qui remplace doncNavi. Taya est une fée de couleur jaune qui possède un caractère bien trempé. Taya accompagnait au départ Skull Kid avant d'en être, malgré elle, séparée. Elle fera équipe à contre-cœur avec notre Kokiri. En froid avec Link au départ, elle apprendra au fur et à mesure de l'aventure à mieux le connaître et donc à l'apprécier jusqu'à aboutir à une admiration envers la détermination et le courage de notre héros.

Epona : La jument d’Ocarina of Time est présente également dans cet opus comme fidèle monture. Elle est très importante pour Link car elle lui permet non seulement de parcourir les distances plus rapidement (et donc de gagner beaucoup plus de temps sur le délai imparti) mais aussi d'accéder à certains lieux. Elle reste fidèle à sa réputation faite dans le jeu précédent.

Le Vendeur de Masques : le vendeur de masques d’Ocarina of Time est présent également dans ce jeu. Il possède le pouvoir de lever les malédictions qui affectent l'apparence normale de Link en les transformant en masques. C'est à lui qu'appartient à l'origine le Masque de Majora et il est également conscient des pouvoirs maléfiques qui hantent ce dernier.

Skull Kid : Skull Kid fait office dans un premier temps d'antagoniste principal dans l'histoire. Il est accompagné de la fée masculine Tael, petit frère de Taya. Skull Kid est donc l'un de ces enfants qui se sont perdus dans les Bois Perdus qu'on a pu déjà apercevoir dans Ocarina of Time. Il veut projeter la lune sur Bourg-Clocher afin de détruire la terre de Termina. Au départ, il semble complètement vil, mais on apprendra qu'il est au contraire un personnage faible et bienveillant au plus profond de lui.

Le Masque de Majora : c'est LE grand méchant de l'histoire. Semblant au départ n'être qu'un masque tout ce qu'il y a plus d'ordinaire, on apprend vers la fin de l'aventure que le masque possède sa propre conscience et qu'il manipulait Skull Kid en le possédant. C'est un adversaire très difficile à battre lorsque Link utilise sa forme normale. Il apparaît sous trois formes : Masque, Incarnation, Magicien.

Univers

 Le jeu ne se déroule cette fois-ci pas à Hyrule mais à Termina, un monde parallèle. Link retrouve certains personnages rencontrés à Hyrule dans le monde de Termina mais avec des métiers, particularités ou caractères différents. Skull Kid semble être le responsable de tous les maux de Termina, il incombe donc au joueur de réparer tous les torts qu'il provoque. On pourrait comparer le monde de Termina à un reflet du monde d'Hyrule dans un contexte différent. Il existe différents endroits en Termina tous plus variés les uns que les autres :

Bourg-Clocher : une ville qui semble être au centre de Termina. Remarquable par son immense clocher qu'on peut entendre en tout point de la contrée, Bourg-Clocher célèbre chaque année son Carnaval du Temps. Dans le jeu, le carnaval a lieu sur trois jours, ce qui coïncide avec le délai au bout duquel la lune va s'écraser sur Termina. La ville est divisée en quatre quartiers qui mènent chacun à quatre régions différentes du monde : les marais, le pic des Neiges, la Grande Baie et la vallée Ikana. Bourg-Clocher est directement menacée par le cataclysme de la lune.

Les Marais : les marais du Sud sont un lieu forestier où a élu domicile le peuple des Pestes Mojo. Il existe également un office du tourisme, un stand de tir à l'arc et la hutte des potions magiques de Koume et Kotake. Au début du jeu, les marais sont empoisonnés et la source de ce mal se trouve être le temple de Bois-Cascade, situé dans une caldéra au fin-fond de ces marais.

Le Pic des Neiges : le pic des Neiges est une région montagneuse au nord où réside le peuple des Gorons. Un forgeron a également construit son échoppe dans ces montagnes. Dans le jeu, les montagnes du pic des Neiges semblent subir une malédiction : un blizzard éternel semble régner dans ces montagnes, ce qui fait qu'il neige en continu alors que le printemps devrait déjà être arrivé. Le mal semble avoir sa source dans le temple du Pic des Neiges, situé dans une dangereuse vallée.

La Grande Baie : cette région surplombe toute la partie ouest de Termina. Les Zoras y possèdent un domaine uniquement accessible si l'on est un très bon nageur. En plus du pêcheur de la plage et du scientifique au milieu de la baie, les Gerudos ont également une forteresse difficilement accessible. Dans le jeu, l'eau de la Grande Baie est anormalement chaude et trouble. La source du mal se situe dans le temple de la Grande Baie, étrangement protégé par de forts courants d'eau et de violentes tempêtes.

La Vallée Ikana : c'est une région désolée située à l'est de Termina. Elle est entourée de canyons et hantée par les esprits des défunts Sakdoss. La vallée Ikana appartenait jadis à l'ancien royaume Ikana dont les âmes sont étrangement condamnées à errer sur Termina. La vallée comporte le château en son centre, mais également un moulin et un cimetière. Le temple de la Forteresse de Pierre semble être la source du mal qui retient les âmes des défunts prisonnières dans le monde des vivants.